Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος αποτελούν η Γενική Συνέλευση και ο Πρόεδρος. Το ανώτατο διοικητικό όργανο του Τμήματος είναι η Γενική Συνέλευση, η οποία αποτελείται από όλα τα μέλη Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ) του Τμήματος, έναν εκπρόσωπο Ε.ΔΙ.Π καθώς και εκπροσώπους Φοιτητών. Ο Πρόεδρος του Τμήματος και ο Αναπληρωτής που τον αντικαθιστά σε περιπτώσεις απουσίας ή κωλύματος, εκλέγονται κάθε δύο χρόνια.

 

Για το Ακαδημαϊκό Έτος 2018 - 2019 Πρόεδρος του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι ο Αναπληρωτής Καθηγητής Κλήμης Νταλιάνης και Αναπληρωτής Πρόεδρος ο Καθηγητής Σούλης Σωτήριος.