Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος αποτελούν η Γενική Συνέλευση και ο Πρόεδρος. Το ανώτατο διοικητικό όργανο του Τμήματος είναι η Γενική Συνέλευση, η οποία αποτελείται από όλα τα μέλη Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ) του Τμήματος, έναν εκπρόσωπο Ε.ΔΙ.Π καθώς και εκπροσώπους Φοιτητών. Ο Πρόεδρος του Τμήματος και ο Αναπληρωτής που τον αντικαθιστά σε περιπτώσεις απουσίας ή κωλύματος, εκλέγονται κάθε δύο χρόνια.

 

Για το Ακαδημαϊκό Έτος 2019 - 2020 Πρόεδρος του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι ο Καθηγητής Απόστολος Γιοβάνης και Αναπληρωτής Πρόεδρος η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Ασπασία Γούλα.